Die Martinskirchen gehören zu den frühesten Kirchengründungen zur Zeit der fränkischen Missionierung im Südwesten, und so dürfte die Martinskirche in Meßkirch, die zudem noch das Kopatronat St. Peter und Paul aufweist, schon im 8. Jh. bestanden haben.
1526 ließ Herr Gottfried Werner von Zimmern den zu kleinen Vorgängerbau abreißen und durch eine dreischiffige gotische Kirche ersetzen.
1769-63 wurde sie unter den Fürsten zu Fürstenberg im Rokokostil umgebaut. Durch die Wegnahme der gotischen Schiffe entstand der heutige sehr breite Saalbau.
Die ursprüngliche Dreischiffigkeit ist an den drei Sichtachsen abzulesen: In der Mitte die Jesus-Achse mit Geburt, Vertreibung der Händler, Letztem Abendmahl und Kreuzigung, also Jesu Leben und Wirken auf Erden; links vom Chor die Paulus-Achse mit Paulus neben dem Altar und am Chorbogen (mit Schwert) sowie seiner Berufung vor Damaskus; rechts die Petrus-Achse mit Petrus neben dem Altar und am Chorbogen (mit umgekehrtem Kreuz) sowie seiner Berufung (unter der Empore). Die Ikonographie ist überraschend modern: Jesus ist die Mitte des Glaubens, Paulus der erste große Theologe und Briefeschreiber, Petrus der erste Bischof von Rom und Vorgänger der Päpste; die Taufe Jesu (rechts neben dem Chor) und das Letzte Abendmahl (in der Chordecke) weisen auf die beiden in allen Kirchen und Konfessionen anerkannten Sakramente hin. Im Chor sieht man die vier Evangelisten, die vier lateinischen Kirchenlehrer, die vier Letzten Dinge (Tod, Gericht, Himmel, Hölle), die (damals bekannten) vier Kontinente, auf denen das Evangelium verkündet werden soll.
Weitere Kunstwerke: Bronze-Epitaphien für Graf Gottfried Werner von Zimmern (von Pankraz Labenwolf aus Nürnberg), für Graf Wilhelm von Zimmern (von Wolfgang Neidhart d. Ä. aus Ulm), für Truchsess Jakob zu Waldburg-Wolfegg.
Nach der Übergabe von Reliquien des 1729 heiliggesprochenen Johann Nepomuk aus Prag an den Meßkircher Fürsten Froben Ferdinand zu Fürstenberg entstand 1733-39 die Johann-Nepomuk-Kapelle, eine Rundkapelle (Entwurf: Johann Caspar Bagnato, Ausstattung: Gebrüder Asam aus München). Wenige Wochen nach Fertigstellung verstarb der Maler Cosmas Damian Asam. Das große Bild zeigt die Mutter Gottes zweimal: in der Mitte als Marienheiligtum in Alt-Bunzlau an der Elbe und als jugendliche Himmelskönigin; diese wirft dem knienden Johann Nepomuk fünf ihrer zwölf Sterne zu, die für die lateinischen Buchstaben TACUI stehen („Ich habe geschwiegen“) und an das von ihm bis in den Tod bewahrte Beichtgeheimnis erinnern. Darauf weist auch der Engel mit dem an die Lippen gelegten Fingern. (Dr. Werner Fischer)
